Ένα αρχείο με την επέκταση αρχείου PDB είναι πιθανότατα ένα αρχείο βάσης δεδομένων προγράμματος που χρησιμοποιείται για την αποθήκευση πληροφοριών εντοπισμού σφαλμάτων σχετικά με ένα πρόγραμμα ή λειτουργική μονάδα, όπως ένα αρχείο DLL ή EXE. Ορισμένες φορές ονομάζονται αρχεία συμβόλων. Το αρχείο χαρτογραφεί διάφορα στοιχεία και δηλώσεις στον πηγαίο κώδικα στο τελικό του μεταγλωττισμένο προϊόν, το οποίο στη συνέχεια μπορεί να χρησιμοποιήσει ο εντοπιστής σφαλμάτων για να βρει το αρχείο προέλευσης και τη θέση στο εκτελέσιμο στην οποία θα πρέπει να σταματήσει τη διαδικασία εντοπισμού σφαλμάτων. Ορισμένα αρχεία PDB ενδέχεται να έχουν τη μορφή αρχείου Protein Data Bank. Αυτά είναι αρχεία απλού κειμένου που αποθηκεύουν συντεταγμένες σχετικά με τις δομές πρωτεϊνών. Άλλα αρχεία PDB πιθανότατα δημιουργούνται σε μορφή αρχείου βάσης δεδομένων Palm ή PalmDOC και χρησιμοποιούνται με το λειτουργικό σύστημα κινητής τηλεφωνίας PalmOS. ορισμένα αρχεία σε αυτήν τη μορφή χρησιμοποιούν την επέκταση αρχείου .PRC. Μια άλλη πιθανή μορφή είναι το Tanida Demo Builder.
Πώς να ανοίξετε ένα αρχείο PDB
Διαφορετικά προγράμματα χρησιμοποιούν το δικό τους αρχείο PDB για την αποθήκευση δεδομένων σε κάποια μορφή δομημένης βάσης δεδομένων, έτσι κάθε εφαρμογή χρησιμοποιείται για να ανοίξει τον δικό της τύπο. Το Geneious, το Quicken, το Visual Studio και το Pegasus είναι μερικά μόνο παραδείγματα προγραμμάτων που ενδέχεται να χρησιμοποιούν ένα αρχείο PDB ως αρχείο βάσης δεδομένων. Το Radare και το PDBparse ενδέχεται επίσης να λειτουργούν. Ορισμένα αρχεία PDB αποθηκεύονται ως απλό κείμενο, όπως αρχεία βάσης δεδομένων προγράμματος εντοπισμού σφαλμάτων Geneious και είναι εντελώς αναγνώσιμα από τον άνθρωπο, εάν ανοίξουν σε πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου. Μπορείτε να ανοίξετε αυτό το είδος αρχείου PDB με οποιοδήποτε πρόγραμμα που μπορεί να διαβάσει έγγραφα κειμένου, όπως το ενσωματωμένο πρόγραμμα Notepad στα Windows. Ορισμένα άλλα προγράμματα προβολής και επεξεργαστές αρχείων PDB περιλαμβάνουν το Σημειωματάριο ++ και Αγκύλες. Άλλα αρχεία PDB δεν είναι έγγραφα κειμένου και είναι χρήσιμα μόνο όταν ανοίγονται με το πρόγραμμα για το οποίο προορίζεται. Για παράδειγμα, εάν το δικό σας σχετίζεται κατά κάποιο τρόπο με το Quicken, δοκιμάστε να χρησιμοποιήσετε αυτό το λογισμικό για να το δείτε ή να το επεξεργαστείτε. Το Visual Studio αναμένει να δει ένα αρχείο PDB στον ίδιο φάκελο με το αρχείο DLL ή EXE. Μπορείτε να προβάλετε και να επεξεργαστείτε αρχεία PDB που είναι αρχεία Protein Data Bank, σε Windows, Linux και macOS με το Avogadro. Αυτά τα προγράμματα μπορούν επίσης να ανοίξουν το αρχείο: Jmol, RasMol, QuickPDB και USCF Chimera. Δεδομένου ότι πρόκειται για απλό κείμενο, μπορείτε επίσης να το ανοίξετε σε πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου. Το Palm Desktop θα πρέπει να είναι σε θέση να ανοίξει αυτό το αρχείο εάν είναι στη μορφή αρχείου Palm Database, αλλά ίσως χρειαστεί να το μετονομάσετε πρώτα ώστε να έχει την επέκταση αρχείου .PRC για να το αναγνωρίσει αυτό το πρόγραμμα. Το Caliber είναι μια άλλη επιλογή. Για να ανοίξετε ένα αρχείο PalmDOC PDB, δοκιμάστε το STDU Viewer. Τα αρχεία Tanida Demo Builder ανοίγουν με ένα πρόγραμμα με το ίδιο όνομα.
Πώς να μετατρέψετε ένα αρχείο PDB
Τα αρχεία βάσης δεδομένων προγράμματος πιθανότατα δεν μπορούν να μετατραπούν σε διαφορετική μορφή αρχείου, τουλάχιστον όχι με ένα κανονικό εργαλείο μετατροπής αρχείων. Αντ ‘αυτού, εάν υπάρχει κάποιο εργαλείο που μπορεί να μετατρέψει αυτό το είδος αρχείου, θα ήταν το ίδιο πρόγραμμα που μπορεί να το ανοίξει. Για παράδειγμα, εάν πρέπει να μετατρέψετε το αρχείο βάσης δεδομένων από το Quicken, δοκιμάστε να χρησιμοποιήσετε αυτό το πρόγραμμα για να το κάνετε. Αυτός ο τύπος μετατροπής, ωστόσο, πιθανότατα δεν είναι μόνο ελάχιστης χρήσης, αλλά δεν υποστηρίζεται σε αυτές τις εφαρμογές βάσης δεδομένων (δηλαδή, πιθανώς δεν χρειάζεται να μετατρέψετε αυτό το είδος αρχείου PDB σε οποιαδήποτε άλλη μορφή). Τα αρχεία Protein Data Bank μπορούν να μετατραπούν σε άλλες μορφές με το MeshLab. Για να το κάνετε αυτό, ίσως χρειαστεί να το μετατρέψετε πρώτα σε WRL με PyMOL από το Αρχείο > Αποθήκευση εικόνας ως > VRML μενού και, στη συνέχεια, εισαγάγετε το αρχείο WRL στο MeshLab και χρησιμοποιήστε το Αρχείο > Εξαγωγή πλέγματος ως μενού για να μετατρέψετε τελικά το αρχείο PDB σε STL ή άλλη μορφή αρχείου. Εάν δεν χρειάζεστε το μοντέλο να έχει χρώμα, μπορείτε να εξαγάγετε το αρχείο απευθείας στο STL με USCF Chimera (ο σύνδεσμος λήψης είναι παραπάνω). Διαφορετικά, μπορείτε να χρησιμοποιήσετε την ίδια μέθοδο όπως παραπάνω (με το MeshLab) για να μετατρέψετε PDB σε WRL με USCF Chimera και, στη συνέχεια, να εξαγάγετε WRL σε STL με το MeshLab. Για να μετατρέψετε PDB σε PDF ή EPUB, εάν έχετε ένα αρχείο PalmDOC, είναι δυνατός με πολλούς τρόπους, αλλά ο ευκολότερος είναι πιθανώς να χρησιμοποιήσετε έναν ηλεκτρονικό μετατροπέα όπως το Zamzar. Μπορείτε να ανεβάσετε το αρχείο σας σε αυτόν τον ιστότοπο για να έχετε τη δυνατότητα να το μετατρέψετε σε αυτές τις μορφές καθώς και σε μορφές αρχείων AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT και άλλες μορφές eBook. Για να μετατρέψετε το αρχείο PDB σε μορφή FASTA μπορεί να γίνει με τον online PDB μετατροπέα Meiler Lab σε FASTA. Είναι επίσης δυνατό να μετατρέψετε αυτό το αρχείο σε CIF (μορφή κρυσταλλογραφικών πληροφοριών) online χρησιμοποιώντας PDBx / mmCIF.
Ακόμα δεν μπορείτε να ανοίξετε το αρχείο;
Τα αρχεία που δεν ανοίγουν με κανένα από τα εργαλεία από ψηλά, πιθανώς δεν είναι στην πραγματικότητα αρχεία PDB. Αυτό που μπορεί να συμβαίνει είναι ότι διαβάζετε εσφαλμένα την επέκταση αρχείου. Μερικές μορφές χρησιμοποιούν ένα επίθημα που μοιάζει πολύ με το PDB όταν είναι πραγματικά άσχετα και δεν λειτουργούν το ίδιο. Για παράδειγμα, ένα αρχείο PDF είναι ένα αρχείο εγγράφου, αλλά τα περισσότερα από τα προγράμματα από πάνω δεν θα αποδώσουν σωστά το κείμενο ή / και τις εικόνες εάν προσπαθήσετε να ανοίξετε ένα με αυτά τα προγράμματα λογισμικού. Το ίδιο ισχύει και για άλλα αρχεία με επεκτάσεις αρχείων με παρόμοια ορθογραφία, όπως αρχεία DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO και WPD. Το PBD είναι ένα άλλο που ανήκει στο πρόγραμμα EaseUS Todo Backup και επομένως είναι χρήσιμο μόνο όταν ανοίγεται με αυτό το λογισμικό. Εάν δεν έχετε αρχείο PDB, ερευνήστε την επέκταση αρχείου που έχει το αρχείο σας, ώστε να μπορείτε να βρείτε το κατάλληλο πρόγραμμα που το ανοίγει ή το μετατρέπει.
Προηγμένη ανάγνωση σε αρχεία PDB
Μπορείτε να διαβάσετε πολλά περισσότερα για τα αρχεία βάσης δεδομένων προγράμματος από το GitHub και το Wintellect. Υπάρχουν επίσης πολλά να μάθετε για τα αρχεία Protein Data Bank. δείτε το Worldwide Protein Data Bank και το RCSB PDB.